R中randomForest包与ggplot2的一个不兼容问题

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Overview

在做实验的时候因为要用到随机森林,所以使用了R中的randomForest包,但在画图的时候报了一个非常诡异的错误。

1. 错误描述

下面是我引入randomForest包之后的代码,这里省略了一些细节,只保留跟错误有关的代码:

    ## randomforest
    library("randomForest")
    # randomforest调参
    bestmtryMatrix <- tuneRF(train.bal[,-1],train.bal[,1], ntreeTry=100, 
     stepFactor=1.5,improve=0.01, trace=TRUE,plot=FALSE, dobest=FALSE)
    bestmtryMatrix
    # 找到最佳参数
    bestmtry <- bestmtryMatrix[which.min(bestmtryMatrix[,2]),1]
    # 训练模型
    rfNormal <-randomForest(Class~.,data=train.bal, mtry=bestmtry, ntree=1000, 
     keep.forest=TRUE, importance=TRUE)
    # 预测
    rfNormal.predictions <- predict(rfNormal,type="prob",newdata=test)

在画图时的代码:

g <- ggplot(data=rocdata,aes(x=ejeX,y=ejeY))+geom_line(aes(colour=Metodo),size=0.8)+scale_colour_manual(values=c("red","blue","green4"))+xlab("False positive rate")+
ylab("True positive rate")+theme_custom()+theme(legend.position=c(0.73,0.1))+
#设定x,y轴坐标刻度
scale_x_continuous(limits=c(0, 1),breaks=seq(0,1,0.2))+
scale_y_continuous(limits=c(0, 1),breaks=seq(0,1,0.2))
# 添加一条对角线
g <- g+geom_abline(intercept=0,slope=1) 

上面代码中,theme_custom()就是我自定义的样式函数,可以在 使用R语言ggplot2包画图时的一个不兼容问题 中查看这个函数的详细信息。

在运行时报了下面的错误:

错误于UseMethod("margin") : "margin"没有适用于"unit"目标对象的方法
Calls: theme_custom ... inherits -> theme -> element_text -> structure -> margin
停止执行

又是element_textmargin的问题,可见更新之后这里有点不稳定,我们在 使用R语言ggplot2包画图时的一个不兼容问题 讨论的问题也与margin相关。

2. 解决方法

刚开始我以为是这个函数名在randomForest中有同名函数导致冲突,所以修改了theme_custom(),改为theme_custom_chris(),结果依然报错。但是我试着删除了randomForest的相关代码(library("randomForest")这句也一定要删掉),则不再报错。

实际上,正是library("randomForest")引入randomForest包导致的问题,那在使用完randomForest之后,手动将它从当前的程序中去掉是不是就可以了呢?

R中使用完randomForest包的代码之后,ggplot画图代码之前,添加下面的代码:

detach("package:randomForest", unload=TRUE)

意义也非常直观明了,在运行过程中detach randomForest包,然后重新运行程序,一切正常。

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