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SCRATCH的预测结果格式

Overview 最近在预测蛋白质序列的二级结构,结构性区域,水溶性等特征时,使用了不同的软件,发现不同软件预测结果中对同一特征的表示方式略有不同,所以在这里一并总结。 1. SCRATCH中的输出格式 我们在 SCRATCH的安装和使用 介绍了SCRATCH的安装和使用,直接使用 ./run_SCRATCH-1D_predictors.sh input_fasta out_prefix...阅读全文>>

BLAST的一些坑

Overview 因为在使用PSIPRED和SCRATCH都使用到了BLAST,安装和使用的过程中遇到了一些问题,这里主要记录下BLAST安装和使用过程中遇到的一些问题,并没有详细记录完整的BLAST安装和使用说明,毕竟还没有直接使用BLAST,等用到的时候再详细记录。 BLAST,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具”,...阅读全文>>

SCRATCH的安装和使用

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时,需要对氨基酸序列做特征提取,越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果,因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构,水溶性等,丰富特征提取时的特征。 SCRATCH作为UCI开发的一个套件包,提供了多种不同的蛋白质预测功能,这些预测器被打包成一个集成的套件安装包SCRATCH-1D (SCRATCH Suite of One-Dime...阅读全文>>

PSIPRED的安装和使用

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时,需要对氨基酸序列做特征提取,越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果,因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构,水溶性等,丰富特征提取时的特征。 PSIPRED作为一个常用的蛋白质二级结构预测工具,常见于各种蛋白质序列的预测论文中,这里主要记录一下PSIPRED的安装和使用。 其实PSIPRED官方的README文档已经很清楚了...阅读全文>>

The First Step To Use Weka

Overview Weka is easy to use when we do feature selection and classification. Using Weka's friendly graphic user interface, we can try and validate multiple feature selection methods and classifie...阅读全文>>