Overview 最近在预测蛋白质序列的二级结构，结构性区域，水溶性等特征时，使用了不同的软件，发现不同软件预测结果中对同一特征的表示方式略有不同，所以在这里一并总结。 1. SCRATCH中的输出格式 我们在 SCRATCH的安装和使用 介绍了SCRATCH的安装和使用，直接使用 ./run_SCRATCH-1D_predictors.sh input_fasta out_prefix...阅读全文>>

Overview 因为在使用PSIPRED和SCRATCH都使用到了BLAST，安装和使用的过程中遇到了一些问题，这里主要记录下BLAST安装和使用过程中遇到的一些问题，并没有详细记录完整的BLAST安装和使用说明，毕竟还没有直接使用BLAST，等用到的时候再详细记录。 BLAST，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，...阅读全文>>

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时，需要对氨基酸序列做特征提取，越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果，因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构，水溶性等，丰富特征提取时的特征。 SCRATCH作为UCI开发的一个套件包，提供了多种不同的蛋白质预测功能，这些预测器被打包成一个集成的套件安装包SCRATCH-1D (SCRATCH Suite of One-Dime...阅读全文>>

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时，需要对氨基酸序列做特征提取，越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果，因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构，水溶性等，丰富特征提取时的特征。 PSIPRED作为一个常用的蛋白质二级结构预测工具，常见于各种蛋白质序列的预测论文中，这里主要记录一下PSIPRED的安装和使用。 其实PSIPRED官方的README文档已经很清楚了...阅读全文>>

Overview Weka is easy to use when we do feature selection and classification. Using Weka's friendly graphic user interface, we can try and validate multiple feature selection methods and classifie...阅读全文>>