Overview 在数据挖掘工作中，往往需要对得到的特征向量进行数据预处理。其中有重要的一步就是标准化(Normalization),也叫“归一化”。其目的就是为了放置得到的多个特征量纲差距过大，从而影响精度，而且也能是模型收敛速度加快。而归一化的方式一般有下面两种。更多详细内容参考维基百科：Normalization (statistics)。 1.1 重新缩放法 这个是最简单的标准化方...阅读全文>>

Overview 上一篇文章python计算smoothed PSSM（一）当中，介绍了以当前氨基酸残基为基点，左右取相同数目的序列，然后叠加计算。Chris介绍，这样的算法有特定的用场：蛋白质后修饰。但是，普通的蛋白质序列提取特征就不太适用了：因为窗口值(smoothed window)只能取奇数，而如果有偶数长度的序列片段包含有特征，这种算法就会漏掉。于是决定写一个新的python脚本...阅读全文>>

Overview 最近几天，Chris和我看了很多论文，对PSSM有了更深的认识。但是，鉴于PSSM本身包含单个位置的信息更明显，而几乎没有包含蛋白质序列片段信息，我们两人思考如何将蛋白质序列片段信息编码，终于找到了一种PSSM的处理方式，这种方式叫做smoothed window,特此记录一下。 该算法原理，请参考这篇论文：Predicting RNA-binding sites of ...阅读全文>>